2011 genel seçimlerde Emek, Özgürlük ve Demokrasi Bloku'nun bağımsız adayı olarak İstanbul milletvekili seçildi.

2013'te, HDP'nin eş genel başkan yardımcısı oldu. 2013'teki Gezi Parkı eylemlerinde yer alan ilk milletvekiliydi.

Türkiye'de 2013-2015 arasındaki "çözüm süreci" olarak adlandırılan dönemin en önemli isimlerden biriydi.

PKK lideri Abdullah Öcalan'ın hapis yattığı İmralı Cezaevi'ne ve Kandil'e giden ekipler içinde yer aldı.

6 Aralık 2018'de "terör propagandası yapmak" suçlamasıyla tutuklandı, 4 Ekim 2019'da serbest bırakıldı.

Ardından tekrar milletvekili seçilen Önder, DEM Parti İstanbul Milletvekili olarak TBMM Başkanvekililiği yapıyordu.😑