Mahmud’un en tartışmalı adımlarından biri, Osmanlı tarihinde ilk defa ordunun her birliğine kadrolu imam ataması oldu.

Çünkü Yeniçeriler zamanında askerler sefere giderken ceplerinden para toplayıp dışarıdan imam kiralıyordu. Bu durum ordu içinde tarikat çeşitliliğine ve hatta isyanlara yol açmıştı. Heterodoks din adamları, zamanla orduyu etkilemeye başlamıştı. II. Mahmud bu karmaşayı bitirmek istedi.

Yeni sistemle birlikte kışlalara camiler yapıldı, imamlar görevlendirildi ve hatta üniforma giydirildi. İmamlar sadece namaz kıldırmakla değil, askere moral vermek, okuma-yazma öğretmek ve temel dini bilgileri anlatmakla yükümlüydü. Ancak görev şartları ağır, maaşlar düşüktü. Genç din adamları bu alana pek yönelmedi. Askeri imamlar zamanla etkisizleşti. Ama bu sistemin amacı dine mesafe almak değil, tam aksine onu merkezi otoriteye bağlamaktı.

II. Mahmud’a yakıştırılan “Gavur Padişah” lakabı ne reformlarının özüyle ne de inanç dünyasıyla örtüşüyordu.