Kalehöyük kazılarından çıkartılan eserlerin sergilenmesi amacıyla 2008 yılında Japon ve Türk hükümetlerinin işbirliği ile başlayan müze inşaatı, 2009 yılı mart ayında tamamlanmış ve 2010’da ‘Türkiye’de Japon Yılı’ etkinlikleri kapsamında Altes Prens Tomohito ve dönemin Kültür ve Turizm Bakanı Sayın Ertuğrul Günay tarafından açıldı. Müzenin mimari projesi, Kalehöyük’ün kendi formundan esinlenilerek höyük görünümünde tasarlandı.🤨